纳税人从批发、零售环节购进使用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得了普通发票时，农产品如何抵扣进项税额?

此时的发票不能作为抵扣进项税额的凭证。 根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）规定：“二、纳税人购进农产品，按下列规定抵扣进项税额：（四）纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。”