某小规模纳税人2022年第二季度开具1%的增值税专用发票1000元，申报时在减免税申报明细表中无法选择减税性质代码，如何处理？

根据规定，除湖北省外，其他省、自治区、直辖市的增值税小规模纳税人，适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税；适用3%预征率的预缴增值税项目，减按1%预征率预缴增值税。

上述政策根据《财政部 税务总局关于对增值税小规模纳税人免征增值税的公告》（财政部 税务总局公告2022年第15号）规定，延期至2022年3月31日。

所以，根据上述规则，2022年第二季度小规模纳税人不再享受减免政策，如果小规模纳税人按照1%的征收率开具发票，在纳税申报时无法选择减免性质代码的，建议去大厅申报。

据了解，有的财务人员会在电子税务局按照1000/1.01*3%=29.7元申报，征期过后去大厅按照1000/1.03*3%=29.13元更正申报，然后申请退税。实务中，财务人员可联系当地主管税务机关，咨询后决定如何处理。