根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发〔2009〕31 号)文件规定,企业将已计入销售收入的共用部位、共用设施设备维修基金按规定移交给有关部门、单位的,应于移交时扣除。
据此,房地产开发企业代有关部门收取的维修基金可以在移交时将已计入销售收入的那部分维修基金扣除。