我司符合国家税务总局公告2021年第18号文件研发机构采购国产设备增值税退税的规定可以申请增值税退税，但是我司已经对取得专用发票进行了增值税进项抵扣，还可以申请退税吗?

根据《国家税务总局关于修订发布<研发机构采购国产设备增值税退税管理办法>的公告》(国家税务总局公告2021年第18号)规定：“第十五条研发机构采购国产设备取得的增值税专用发票，已用于进项税额抵扣的，不得申报退税;已用于退税的，不得用于进项税额抵扣。”

因此，根据上述文件规定贵司取得的增值税专用发票已经用于进项税额抵扣的，就不得申报退税。