可以。公司需要作废《代理出口货物证明》的,应向主管税务机关提出作废申请并交回原出具的纸质证明。公司可根据需要,通过电子税务局、标准版国际贸易“单一窗口”、出口退税离线申报工具等方式提交作废申请或自行制作书面申请现场报送税务机关。
文件依据:《国家税务总局关于优化整合出口退税信息系统更好服务纳税人有关事项的公告》(国家税务总局公告2021年第15号)第四条。